L'équipe pédagogique des Pouces Verts est composée de 11 éducateurs et d’une dizaine d’intervenants.

Tous les éducateurs ont suivi une formation Montessori AMI ou une formation de l’AMF qui est affiliée à l’AMI. En outre, tout au long de leur engagement aux Pouces Verts, les éducateurs participent régulièrement à des formations continues qui sont dispensées par l’AMI, l'AMF ou le CRELAM à Rennes.
Les intervenants sont tous des professionnels spécialisés dans la discipline qu’ils apportent aux enfants des Pouces Verts.

Deux éducateurs Montessori, qui sont donc polyvalents, sont présents dans chaque ambiance ; ils partagent la responsabilité et l’organisation de la journée des enfants. Selon leurs talents, ils peuvent aussi offrir aux enfants des opportunités de travailler un domaine particulier comme la musique, le jardinage, le théâtre, le chant ou le yoga.
L’organisation du 12-15 est différente. Un éducateur scientifique et un éducateur spécialisé en matières littéraires sont les référents du cycle ; ils sont secondés par des intervenants extérieurs dans des disciplines particulières, telles que travail du bois, histoire-géographie, langues, économie… Les jeunes du cycle 12-15 ont aussi des activités à l’extérieur du collège (travail de la terre, chantiers, théâtre…).